转录因子数据库？简述4个以上转录调控相关数据库。
老铁们，大家好，相信还有很多朋友对于转录因子数据库和简述4个以上转录调控相关数据库。的相关问题不太懂，没关系，今天就由我来为大家分享分享转录因子数据库以及简述4个以上转录调控相关数据库。的问题，文章篇幅可能偏长，希望可以帮助到大家，下面一起来看看吧！
简述4个以上转录调控相关数据库。
【答案】：(1)TRANSFAC数据库。它是一个真核生物顺式调控元件和反式作用因子数据库，数据收集对象从酵母到人类，且为实验证实的数据。
(2)JASPAR数据库。是收集有注释的、高质量的多细胞真核生物转录因子结合部位的开放数据库。
(3)TRED数据库。收集了哺乳动物转录调控元件的数据库，对人、大鼠、小鼠等物种的启动子区域有较为完整的注释。
(4)DBTSS数据库。该数据库最初收集了实验方法得到的人类基因的转录起始位点(TSS)数据。
(5)TRRD数据库。其数据来源于已经发表的科学论文。
怎样确定转录因子直接还是间接调控基因
转录因子一半都结合在被调控基因的promoter区域，你可以做一个chip-seq实验，然后在基因组数据库中定位这些与该转录因子结合的DNA区域，那么这些区域的下游附近的基因就很可能是受该转录因子调控的基因。然后在针对这些疑似基因做转录因子KO之后的该基因mRNA水平检测（realtimePCR）确定是否受其调控。
如何获取目标基因的转录因子(上)
——Biomart下载基因和motif位置信息
科研过程中我们经常会使用Ensembl（http://asia.ensembl.org/index.html）网站来获取物种的参考基因组，其中BioMart工具可以获取物种的基因注释信息，以及跨数据库的ID匹配和注释等。
在参考基因组和基因注释文件一文中有详细介绍如何在Ensembel数据库中获取参考基因组和基因注释文件。（点击蓝字即可阅读）
生信分析中，想要找到感兴趣基因的转录因子结合位点，该怎么做呢？
首先需要准备以下3个文件，后面两个文件可以在ensembl网站中下载：
bed格式文件提供了一种灵活的方式来定义数据行，以此描述基因注释的信息。BED行有3个必须的列和9个可选的列。每行的数据格式要求一致。
关于bed文件格式的介绍，在https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1中有详细说明。
我们需要下载的基因位置信息列表是一个6列的bed文件，每列信息如下：
注：起始位置和终止位置以0为起点，前闭后开。
转录因子结合位点列表是一个5列的bed文件，每列信息如下：
具体内容见后面示例，更方便理解。
1.进入Ensembl主页后点击 BioMart
2.使用下拉框- CHOOSE DATASET-选择数据库，我们选则 Ensembl Genes 93；这时出现新的下拉框- CHOOSE DATASET-，选择目的物种，以 Human gene GRCh38.p12为例。如果自己实际操作，需要选择自己的数据常用的基因组版本。如果没有历史包袱，建议选择 GRCh38最新版。
3.选择数据库后，点击Filters对数据进行筛选，如果是对全基因组进行分析可不用筛选,略过不填。
4.点击 Attributes，在GENE处依次选择1-6列的内容，勾选顺序便是结果矩阵中每列的顺序。
5.如上图中所示，点击 results后跳转下载页面，中间展示了部分所选的数据矩阵，确定格式无误后点击 GO即可下载。
6.转录因子结合位点矩阵的下载类似上面，不过在下拉框-CHOOSE DATASET-选择数据库时，我们选则 Ensembl Regulation 93，再选择 Human Binding Motif(GRCh38.p12)
7.在Attributes处选择需要的信息列，点击 Results和 GO进行数据下载
将上述下载的两个文件分别命名为 GRCh38.gene.bed和 GRCh38.TFmotif_binding.bed，在Shell中查看一下：
基因组中每个基因所在的染色体、位置和链的信息，以及对应的ENSG编号和Gene symbol。
第五列为人中的转录因子，每一行表示每个转录因子在基因组范围的结合位点分布，即其可能在哪些区域有结合motif。这些区域是与TF的结合motif矩阵相似性比较高的区域，被视为潜在结合位点。有程序 MEME-FIMO或 Homer-Findmotifs.pl可以完成对应的工作。
分析miRNA的数据库都有哪些
1、starBase
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。
2、miRbase
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。
3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。
4、Tarbase
一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
5、miRecords
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
6、targetScan
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
7、PicTar
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
8、PITA
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
9、RNA22
基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
10、miRanda和microRNA.org
是著名的MemorialSloan-Kettering癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。
11、MicroCosm
EMBL-EBI的Enright实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
12、miRTarBase
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
13、miRGator v2.0
整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。
14、MiRNAMap
动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
15、miRDB
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
16、RNAhybrid
一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
17、miRGen
microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
关于转录因子数据库，简述4个以上转录调控相关数据库。的介绍到此结束，希望对大家有所帮助。