circrna数据库(哪里有circRNA(环状RNA)数据库资源)
大家好，关于circrna数据库很多朋友都还不太明白，不过没关系，因为今天小编就来为大家分享关于哪里有circRNA(环状RNA)数据库资源的知识点，相信应该可以解决大家的一些困惑和问题，如果碰巧可以解决您的问题，还望关注下本站哦，希望对各位有所帮助！
哪些mirna对ppar
1、starBase
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。
2、miRbase
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。
3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。
4、Tarbase
一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
5、miRecords
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
6、targetScan
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
7、PicTar
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
8、PITA
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
9、RNA22
基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
10、miRanda和microRNA.org
是著名的MemorialSloan-Kettering癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。
11、MicroCosm
EMBL-EBI的Enright实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
12、miRTarBase
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
13、miRGator v2.0
整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。
14、MiRNAMap
动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
15、miRDB
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
16、RNAhybrid
一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
17、miRGen
哪里有circRNA(环状RNA)数据库资源
随着对circRNA研究的越来越多，已知的circRNA数据信息在快速增长，在这里我们肽度时界（timedoo）整理了当前circRNA相关的数据库列表，希望能帮到您：
1.circBase[1]，是一个通过收集和整合已经发布的circRNA数据构建的数据库。目前该数据库收集包括以下6个物种的circRNA信息：人(hg19)、小鼠(mm9)、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇(dm3)、矛尾鱼(latCha1)、腔棘鱼(latCha1)。该数据库最新版本发布时间为2014年1月。网址：http://www.circbase.org/。通过在搜索界面中的list search提交circBase支持的circRNA ID号或基因组区域位置信息，可以快速查询相关circRNA信息；研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置，筛选自己所需要的circRNA数据。
2.circRNABase[2],该数据库通过整合已发表的circRNA数据，构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白（RBP)的互作网络。最新版本发布时间：2013年12月。网址：http://starbase.sysu.edu.cn/mirCircRNA.php
3.Circ2Traits[3]，是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circRNA数据库。该数据库通过预测miRNAs和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状RNA间的相互作用关系，构建了相互作用网络,并对miRNAs-circRNA相互作用组中的蛋白编码基因进行了GO富集分析；此外，将与疾病相关的SNPs位点定位到circRNA基因座上，并鉴定了环状RNAs上的Ago相互作用位点。最新版本发布时间：2013年12月。网址：http://gyanxet-beta.com/circdb/
4.circNet[4]，利用464个RNA-seq测序数据，进行新circRNA预测及基因组注释，并计算已知的及新预测的circRNA表达情况，构建circRNA-miRNA-genet调控网络，以上信息均可从该数据库获得。版本发布时间：2015年12月。网址：http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/
5.deepBase v2.0[5]平台,该数据平台收集了大约15万多的circRNA基因（人、鼠、果蝇、线虫等），并构建了最全面的circRNA的表达图谱。最新版本发布时间：2015年10月网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/
6.CircInteractome[6]该数据库预测了已知的109个RNA结合蛋白数据集与circbase中的circRNA的结合位点，并利用Targetscan软件预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点。最新版本发布时间：2015年12月网址：http://circinteractome.nia.nih.gov/
你也可以上肽度时界（timedoo）查看circRNA（环状RNA）学术解读资料。
分析miRNA的数据库都有哪些
1、starBase
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。
2、miRbase
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。
3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。
4、Tarbase
一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
5、miRecords
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
6、targetScan
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
7、PicTar
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
8、PITA
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
9、RNA22
基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
10、miRanda和microRNA.org
是著名的MemorialSloan-Kettering癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。
11、MicroCosm
EMBL-EBI的Enright实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
12、miRTarBase
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
13、miRGator v2.0
整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。
14、MiRNAMap
动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
15、miRDB
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
16、RNAhybrid
一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
17、miRGen
microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
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