微生物数据库(微生物 牛人 帮忙!!!)
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微生物功能预测的作用
微生物功能预测的作用如下：把物种的“身份”和它们的“功能”对应起来。根据菌群代谢功能预测结果，我们一方面能一窥菌群功能谱的概貌，发挥菌群多样性组成谱测序性价比高的优势；另一方面也能帮助指导后续宏基因组De novo鸟枪法测序的实验设计，更合理地筛选用于后续研究的样本。通过将现有的16S rRNA基因测序数据与代谢功能已知的微生物参考基因组数据库相对比，从而实现对细菌和古菌代谢功能的预测；预测过程中还考虑了不同物种16S rRNA基因拷贝数的差异，并对原始数据中的物种丰度数据进行校正，使预测结果更准确可靠。
微生物 牛人 帮忙!!!
如今还健在的微生物界牛人
1.田波，男，1931年12月25日生于山东桓台县，中国科学院微生物研究所分子病毒学与生物工程研究室主任，研究员、院士、博士生导师，著名病毒学与生物工程专家
1954年8月北京农业大学植保系毕业
1954年8月至1962年6月中国科学院微生物所研究实习员, 1958年后任课题组长
1962年7月至1978年12月中国科学院微生物所,助研,课题组长,
1977年后任研究室副主任
1979年1月至1986年4月中国科学院微生物所,副研,研究室副主任, 1983年后任主任
1986年5月至1991年12月中国科学院微生物所,研究员,博士生导师,研究室主任
1991年12月至今中国科学院院士,研究员,博士生导师,研究室主任
对中国的植物病毒、类病毒和生物工程有系统的研究, 1983年首次报导了应用卫星RNA防治黄瓜花叶病毒获得成功。通过卫星RNA生防制剂和包括卫星 RNA在内的多基因抗病遗传工程品种,在田间大面积应用中获得良好的防病增产效果,并提出了卫星RNA除抑制病毒复制之外的一种新的抗花叶病机理。他所领导的实验室在生物工程方面开展了核酶工程、随机序列多肽库、抗体基因工程、基因工程医药和植物基因工程等研究,获得在体内高度抗病毒和类病毒的转基因作物;构建了胞内和表位多肽库并筛选到用于亲合层析和抗病毒的一些多肽;构建和表达了几种抗肿瘤的抗体基因;研制成功数种基因工程药物;在几种作物上用基因工程方法获得了雄性不育系和恢复系,为杂种优势利用奠定了基础。
在国内外重要学术刊物上发表论文150多篇,专著五种。
2.张树政，女，1922年10月22日生于河北束鹿县。现任中国科学院院士、微生物所研究员、博士生导师。
1942－1945北京大学理学院化学系毕业，理学士；
1945－1946北京大学理学院化学系助教；
1946－1948北京大学医学院生化科助教；
1948－1949北京大学理学院化学系助教；
1950－1954重工业部综合工业试验所技师；
1954－1957中国科学院菌种保藏委员会助理研究员；
1958－现在历任中科院微生物所副研究员、研究员、博士生导师、酶学研究室副主任等职。
1991－现在中国科学院院士
1992－现在中国科学院生物学部常委
60年代初，在国内首先用纸电泳、酶谱和生长谱法分析比较了当时在酒精工业界有争议的不同种曲霉淀粉酶系的组成，确定了黑曲霉的优越性。60年代阐明了白地霉的戊糖代谢途径，发现白地霉中有甘露醇，查明了其合成途径。发现并纯化了NAP－甘露醇脱氢酶。70年代在国内首先建立了等电聚焦和聚丙烯酰胺凝胶电泳等新技术。在红曲霉糖化酶的研究中，首次得到该酶的结晶，并发现该酶的不同分子型存在构象差异，证明是糖基化程度不同引起的（现称为糖型）。80年代从事多种糖苷酶的应用和基础研究。如细菌(－淀粉酶高产菌株活力在国际上当时领先，果胶酶的应用，右旋糖酐酶已证明有防龋效果，产麦芽四糖的淀粉酶有工业化前景。首次发现了有严格底物专一性的(－D－岩藻糖苷酶，由嗜热菌纯化了5种酶。90年代在国内大力倡导糖生物学和糖工程前沿计划，并建立了糖工程实验室。
3.魏江春男，1931年11月11日生。研究员、博士生导师、中国科学院院士
自1963年以来一直从事中国地衣区系与分类研究，同时对世界范围石耳科(Umbilicariaceae)地衣进行了比较系统的研究。先后组织并参加了国家基金委、国家科委和中科院联合资助的重大项目中的三级课题《中国地衣志－石蕊科》，基金委资助的《用地衣进行北京地区大气质量评定的研究》及《世界范围石耳科地衣的综合研究》，中科院重大项目中的三级课题《西藏地衣研究》以及国家85攻关《南极菲尔德斯半岛生态系统的研究》中的《陆地生态系统的研究》。此外，还对中国地衣文献资料进行了整理与分析，对一些地衣类群，如袋衣科，肺衣科，地卷科，茶渍科等进行了初步研究。当前正在主持并参加由基金委、中科院和真菌地衣系统学开放实验室资助的中美合作项目《东亚－北美地衣型与非地衣型真菌的间断分布及其遗传趋异性研究》。自1990年以来，将注意力逐渐集中于地衣表型与基因型相结合的综合研究方面。在石耳科研究中通过PCR技术对地衣型真菌的核rDNA特定片断进行RFLP分析以及对某些疑难种的核rDNA特定片断进行序列测定，并结合形态学，解剖学，化学与地理学等多性状的综合比较进一步阐述了石耳科地衣的科、属、种级的分类学综合概念。
4.郑儒永女，1931年 1月10日生。研究员、中国科学院院士、博士生导师，系统真菌学专业
一贯致力于真菌分类系统的合理化与完善,研究小煤炱、白粉菌和毛霉等类真菌多年。对我国白粉菌目的有关属种以及全世界范围内白粉菌目的所有属的全型进行了详尽的研究,澄清和订正了许多国际上有争议的问题,发表了一个较为合理和接近自然的白粉菌科属级分类系统,受到国际公认。1987年与其他人合作并主写了我国的第一本真菌志《中国白粉菌志》。在分类难度很大的毛霉目研究中,注意将形态特征结合生理生化及分子生物学特性和将无性型特征结合有性型特征并取得了一些有意义的突破。在医学毛霉和内生毛霉方面亦注意开展研究。共著书10本(主作2本),发表在国内外学术刊物上和全国会议及国际会议论文62篇(主作48篇)。
5.方荣祥院士男，汉族 1946年1月19日出生于上海，籍贯安徽省绩溪县
工作单位及地址中国科学院微生物研究所北京中关村 100080研究员、博士生导师
电话及传真 62548243电子邮件 fangrx@im.ac.cn
6.我们学校的院士
李季伦（1925.03.15--），男，河北乐亭人，教授，1995年当选为中国科学院院士。
1948年毕业于南京中央大学理学院生物系，留校任教。1950年至今，历任中国农业大学助教、讲师、副教授、教授。1980-1982年在美国Wisconsin大学生化系进修。1989年至今任中国农业大学“农业生物技术国家重点实验室”学术委员会主任；1992年至今任中国科学院微生物研究所“微生物资源前期开发国家重点实验室”学术委员会主任。曾兼任国务院学位委员会学科评议组成员（1985-1991年）、农业部科学技术委员会委员（1983-1995年）、清华大学兼职教授（1994-1996年）、中国微生物学会理事长（1991-1995年）和名誉理事（1995年至今）、《微生物学报》主编（1991年至今）、《农业生物技术学报》主编（中、英文版，2002年至今）。
长期从事农业微生物的教学和研究，培养了大量专业人才，其中包括60多名研究生。出版译著8册，发表文章一百二十余篇。与俞大绂教授合编的《微生物学》在我国微生物界有较大影响，获国家新闻出版署优秀科技图书一等奖（1998年）。
在基础科学研究方面：系统地研究了生物固氮的问题，取得以下成就：（1）在固氮酶催化机制的研究中，证明了固氮酶催化HD形成是固氮酶的普遍特性，而且是绝对依赖N2的；并提出了固氮酶的双位点放H2模式；（2）在固氮螺菌分子遗传学研究中，建立了我国巴西固氮螺菌Yu62菌株的基因文库，克隆和测序了该菌的ntrBC、draTG、nifA、glnB、glnZ和flbD等基因，并分析了它们的功能；构建了能节约玉米氮肥20%的耐铵固氮基因工程菌株；（3）启动了我国豆科植物根瘤菌资源调查和分类的研究，建立了我国根瘤菌资源数据库，为以后的研究奠定基础。
在应用研究方面：先后研制和开发了赤霉素GA3和GA4+7(可用于促进植物生长)、玉米赤霉烯酮和玉米赤霉醇（可用于促进牛、羊增重，并首先发现它们也是高等植物的一类天然激素）、莫能菌素和马杜霉素（可用于预防鸡球虫危害）、以及阿维菌素和伊维菌素（可用于防治动植物的寄生虫）等农牧用微生物制剂，取得了重大经济效益和社会效益。
曾获北京市优秀教育工作者（1986年）、五一劳动奖章（1986年）、全国农业劳动模范（1990年）等荣誉称号，自1991年起享受国务院颁发的政府特殊津贴。
7.我们学校的院士
陈文新，女，教授，博士生导师，中科院院士，国际根瘤菌/土壤杆菌分类分委会委员。1952年毕业于武汉大学农学院土壤农化学系。1958年获前苏联季米里亚捷夫农学院副博士学位。1959年1月回国后在北京农业大学(现中国农业大学)生物学院微生物学系工作至今,一直从事土壤微生物学与细菌分类学的教学和科学研究。自二十世纪70年代起，她主持研究我国根瘤菌资源调查与分类。在她卓越的领导下，组织全国20个单位的微生物学工作者，共同完成全国32个省（市）700多个县，不同生态条件下各种豆科植物根瘤菌资源调查，保藏根瘤菌5000多株；对其中2000株进行过100多项性状分析；发现一批抗逆性很强的根瘤菌种质资源；发表根瘤菌新属2个，新种12个，在国际根瘤菌属、种系统中占很大比重；从分类学角度获得豆科植物与根瘤菌共生关系的新认识；在国内外学术刊物上发表论文100多篇，其中近20篇被SCI收录，被引用200多次；培养硕士、博士50多人。她先后获农业部部级科技进步一等奖2项，获国家教委科技进步二等奖2项，获农业部优秀教材一等奖1项，2001年获国家自然科学二等奖1项。她的工作在国际上有较大影响，1996年当选为国际根瘤菌/土壤杆菌分类分委会委员, 1998年被邀与美国学者一道撰写“伯杰系统细菌学手册”第二版根瘤菌部分内容。现在她正热心于将优良豆科植物--根瘤菌共生体系引入我国西部大开发的农林牧业中而努力工作着。
biolog微生物鉴定系统
Biolog微生物鉴定步骤
一检测原理
Biolog微生物鉴定系统测试的是微生物在鉴定板中利用或氧化化和物的能力。测试会产生特征性的紫色孔模式，组成代谢指纹。所有必需的营养物质和生化试剂都预先加进96孔板中，四唑紫是一种氧化还原染料，指示碳源的利用情况。.鉴定步骤非常简单，纯化分离到的菌株经扩大培养，再制成接种液加到鉴定板中。在培养过程中，一些孔中的化学物质能被氧化并将显色物质成紫色，对照孔（A-1）和阴性孔仍然为无色。鉴定板在相应的培养条件下培养4-6小时或16-24小时即可形成代谢模式。系统软件自动和数据库对比，如果能找到合适的匹配，就可以得出一个鉴定结果。
二所需器材和消耗品：
培养基、接种液、巯基乙酸钠、长棉签、接种棒、储液槽、八道移液器、移液器头、浊度仪、浊度标准品、控温培养箱和相应的鉴定板。其中接种液自行配制，接种棒、储液槽可选用国产品牌代替。
三鉴定步骤：
Biolog微生物鉴定样品处理步骤
分离纯化培养基
BUG+B
通用培养基加羊血
BUA+B
厌氧培养基加羊血
BUY
酵母培养基
2%ME
2%的麦芽汁提取物
革兰氏染色和菌落菌株形态观察
革兰氏染色结果
革兰氏阴性
革兰氏阳性
厌氧菌
酵母菌
丝状真菌
确认实验
氧化酶反应阳性
氧化酶反应阴性、三糖铁实验A/A或K/A
需在巧克力培养基上或需要6.5% CO2培养
确认实验
氧化酶反应阴性、三糖铁实验K/K或K/Aw
微生物类型
GN-NENT
非肠道菌
GN-ENT
肠道菌
GN-FAS
苛生菌
GP-COCCUS-ROD杆球菌、GP-COCCUS球菌、GP-ROD杆菌
GP-ROD
（芽孢杆菌）
AN
厌氧菌
YT
酵母菌
FF
丝状真菌
扩大培养基
BUG+B
BUG+B
巧克力培养基
BUG+B
BUG+M+T
BUA+B
BUY
2%ME
培养温度
30℃
35-37℃
35-37℃
35-37℃
30℃
35-37℃
26℃
26℃
培养气体
空气
空气
6.5% CO2
空气或6.5% CO2
空气
无氢气的厌氧环境
空气
空气
接种液类型
GN/GP-IF
GN/GP-IF+T
GN/GP-IF+T
GN/GP-IF+T
GN/GP-IF
AN-IF
水
FF-IF
接种浊度/
浊度标准管
52%T
GN-NENT
61%T
GN-ENT
20%T
GP-COC&GP-ROD&GN-FAS
20%T
GP-COC&GP-ROD&GN-FAS
28%T
GP-ROD SB
65%T
AN
47%T
YT
75%T
FF
鉴定板类型/
每孔菌悬液的量
GN2
150μl
GN2
150μl
GN2
150μl
GP2
150μl
GP2
150μl
AN
100μl
YT
100μl
FF
100μl
培养时间（小时）
4-6,16-24
4-6,16-24
4-6,16-24
4-6,16-24
4-6,16-24
20-24
24,48,72
24,48,72,96
第一步：
在用户自己的培养基上纯化菌株，如果菌株为冻干或冷冻样品，需要传代培养2-3代，让菌株恢复活力。
对纯化好的菌株做革兰氏染色，确定菌株是革兰氏阴性还是阳性。观察菌落外部形态或用显微镜观察菌株形态，确定是酵母还是丝状真菌，是球菌还是杆菌。
如果是革兰氏阴性菌，还需要最终确认是肠道菌、非肠道菌或苛生菌。方法是，氧化酶阳性或氧化酶阴性但三糖铁实验为K/K或K/Aw，则该菌株为非肠道菌(GN-NENT)，氧化酶阴性以及三糖铁实验为A/A或K/A，则该菌株为肠道菌(GN-ENT)。如果菌株①需要在巧克力培养基上或需要6.5% CO2培养，②在BUG+B培养基上生长非常差，形成针尖大小的菌落，那么可以认为这些菌是苛生菌(GN-FAS)。大多数苛生菌都是从哺乳动物的呼吸道里分离出来的，如Actinobacillus, Alysiella, Brucella, Capnocytophaga, CDC Group DF-3, CDC Group EF-4, Eikenella, Haemophilus, Kingella, Moraxella, Neisseria, Simonsiella, Suttonella,和Taylorella。
如果是革兰氏阳性菌，用革兰氏染色可以很容易的区分球菌和杆菌，推荐再做一个过氧化氢酶实验，最终确定是球菌还是杆菌。通过革兰氏染色或观察菌落形态可以区分出芽孢杆菌。
微生物的扩大培养应该用Biolog推荐的培养基和培养条件，以便使微生物达到最佳的代谢活性，进而准确的和数据库中的代谢模式匹配。
微生物应该是新鲜的，确保其处于指数增长期，因为一些菌株在达到稳定期时会失去生存能力或代谢活性，推荐的培养周期为4-24个小时。
如果扩大培养的量不足以配制相应的浊度，可以培养多个平板，培养时间可以延长到48个小时。
第二步：
首先确定浊度仪没开启电源的时候，指针应指在0%，如果没有，用螺丝刀调整。开启电源，取未开盖的装有接种液的试管，擦干净管壁，放入浊度仪，指针应指在100%，如果没有，旋动右方旋钮。然后用浊度标准管检验，读数在±2%都是正常的。要使用哪管接种液，就用相应的试管做100%校正，不要在浊度仪的光路中旋转试管。
在鉴定革兰氏阴性肠道菌和苛生菌的时候，在接种液里应该加准确三滴巯基乙酸钠。巯基乙酸钠的作用是抑制芽孢形成，并且可以部分或完全的抑制A-1或其它孔由于微生物利用自身分泌的聚多糖荚膜而出现的紫色。一些非肠道菌液需要添加巯基乙酸钠。
按照下列步骤制备均匀的菌悬液：用接种液将棉签稍微浸湿，用棉签在菌落上面轻轻的滚动可以将菌落取到接种液中，从而不会将培养基或其它营养物质带入接种液。先取单菌落，不够再取生长紧密的菌落。在试管内壁接种液液面的上方，旋转挤压棉签可以将菌落团分散。然后上下移动棉签，将分散的菌落和接种液充分混合形成均一，无菌团的菌悬液。如果菌悬液有菌团，可以让菌团沉到管底。
调整浊度直至达到允许的范围，增加接种液或添加菌落可以降低或升高菌悬液的密度。
将菌悬液接种到鉴定板上，不要超过20分钟。如果长时间部接种到鉴定板上，一些菌会失去代谢活性。
第三步：
将鉴定板编上相应的号码。把菌悬液倒入储液槽，不要全部倒入，因为试管底部可能有未分散的菌团。按照不同的鉴定板所需的加样量进行移液器的程序选择，将移液器头安放到移液器上，必要时可以用手加固，以免造成上方漏气。吸取菌悬液，观察每个移液器头中的液面是否一致，如果不一致，放出菌悬液，加固移液器头。加完菌悬液后，盖上盖子。
第四步：
培养环境根据所鉴定的菌株种类而定。准备一个塑料容器，在底部铺上湿纸巾，把鉴定板放在纸巾上，可以防止鉴定板外缘孔水分的蒸发。对于革兰氏阴性阳性菌，鉴定板培养4-6个小时可以进行一次读数，过夜培养（16-24个小时）可再进行一次读数。厌氧菌在培养20-24个小时后进行一次读数即可。酵母和丝状真菌所需培养时间稍长，一般间隔24个小时读一次数。
第五步：
开启读数仪和电脑，打开Biolog软件，并对读数仪进行初始化，设置好各项参数（培养时间、菌株名称、菌株编号、菌株类型），用纸巾擦干净培养好的鉴定板底部，放入读数仪，A-1孔位于左上方。即可点击“Read This”进行读数。鉴定结果自动显示在屏幕下方，将所得数据进行保存即可。
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