nr数据库 NCBI选择数据库
大家好，关于nr数据库很多朋友都还不太明白，今天小编就来为大家分享关于NCBI选择数据库的知识，希望对各位有所帮助！
怎么在linux下安装oracle数据库
1.安装CentOS，注意先不要创建oracle用户，语言务必选择英语；
2.获取Oracle 11G安装包；
3.创建Oracle安装目录；
1)创建用户：oracle，组：oinstall，dba；
1) groupadd oinstall#创建用户组oinstall
2) groupadd dba#创建用户组dba
3) useradd-g oinstall-g dba-m oracle#创建用户oracle，并加入oinstall和dba用户组
4) passwd oracle#设置用户oracle的登录密码，根据提示输入两次密码
5) mkdir/oracle#创建Oracle安装目录
6) chown-R oracle:oinstall/oracle#设置目录所有者为oinstall用户组的oracle用户
1.修改内核参数；
这一步修改主要是因为，在oracle的官方文档中有对oracle数据库安装配置的最低要求，因此需要修改一下
vi/etc/sysctl.conf#编辑，
#在最后添加以下代码
net.ipv4.icmp_echo_ignore_broadcasts= 1
net.ipv4.conf.all.rp_filter= 1
fs.file-max= 6815744
fs.aio-max-nr= 1048576
kernel.shmall= 2097152
kernel.shmmax= 2147483648
kernel.shmmni= 4096
kernel.sem= 250 32000 100 128
net.ipv4.ip_local_port_range= 9000 65500
net.core.rmem_default= 262144
net.core.rmem_max= 4194304
net.core.wmem_default= 262144
net.core.wmem_max= 1048576
保存退出后要进行如下操作以使配置生效
sysctl-p#使配置立即生效
2.设置oracle用户限制
vi/etc/security/limits.conf#在末尾添加以下代码
oracle soft nproc 2047
oracle hard nproc 16384
oracle soft nofile 1024
oracle hard nofile 65536
3.关闭SELINUX
vi/etc/selinux/config
#编辑配置文件
#注释掉SELINUX=enforcing
#注释掉SELINUXTYPE=targeted
SELINUX=disabled#增加
4.安装必备软件；
yum install gcc* gcc-* gcc-c++-* glibc-devel-* glibc-headers-* compat-libstdc* libstdc* elfutils-libelf-devel* libaio-devel* sysstat* unixODBC-* pdksh-*
5.检查依赖关系
binutils-2.23.52.0.1-12.el7.x86_64
compat-libcap1-1.10-3.el7.x86_64
gcc-4.8.2-3.el7.x86_64
gcc-c++-4.8.2-3.el7.x86_64
glibc-2.17-36.el7.i686
glibc-2.17-36.el7.x86_64
glibc-devel-2.17-36.el7.i686
glibc-devel-2.17-36.el7.x86_64
ksh
libaio-0.3.109-9.el7.i686
libaio-0.3.109-9.el7.x86_64
libaio-devel-0.3.109-9.el7.i686
libaio-devel-0.3.109-9.el7.x86_64
libgcc-4.8.2-3.el7.i686
libgcc-4.8.2-3.el7.x86_64
libstdc++-4.8.2-3.el7.i686
libstdc++-4.8.2-3.el7.x86_64
libstdc++-devel-4.8.2-3.el7.i686
libstdc++-devel-4.8.2-3.el7.x86_64
libXi-1.7.2-1.el7.i686
libXi-1.7.2-1.el7.x86_64
libXtst-1.2.2-1.el7.i686
libXtst-1.2.2-1.el7.x86_64
make-3.82-19.el7.x86_64
sysstat-10.1.5-1.el7.x86_64
6.配置用户的环境变量（可以安装完再设置）
vi/home/oracle/.bash_profile
#在最后添加以下代码
export ORACLE_BASE=/oracle/app/oracle#oracle数据库安装目录
export ORACLE_HOME=$ORACLE_BASE/product/11.2.0/dbhome_1#oracle数据库路径
export ORACLE_SID=orcl#oracle启动数据库实例名
export ORACLE_TERM=xterm#xterm窗口模式安装
export PATH=$ORACLE_HOME/bin:/usr/sbin:$PATH#添加系统环境变量
export LD_LIBRARY_PATH=$ORACLE_HOME/lib:/lib:/usr/lib#添加系统环境变量
export#防止安装过程出现乱码
export NLS_LANG=AMERICAN_AMERICA.ZHS16GBK#设置Oracle客户端字符集，必须与Oracle安装时设置的字符集保持一致，如：ZHS16GBK，否则出现数据导入导出中文乱码问题
保存退出以后，输入如下命令使配置生效
source.bash_profile#使设置立刻生效
7.运行如下命令启动安装界面
export LANG=en_US#设置编码，防止图形界面乱码
./runInstaller [jarLoc=]
8.“ins_ctx.mk”错误处理
下载下面的文件，解压后使用其中libstdc++替换/usr/lib64目录下的同名文件即可
9.“ins_emagent.mk”编译错误，未解决，但未发现影响使用。
NCBI选择数据库
原理很简单后者是前者的子集。chromosome只包含所有已经测序的基因组数据。估计你的序列可能只是在高等生物中保守，所以才会出现选择chromosome数据库时相似数量下降非常多。
在做BLAST的时候，我们通常需要根据不同的目的选择不同的数据库。例如，要看一下测的序列是不是子集所期望的序列，以及，那nr数据库是最好的选择。至于以谁为准，因需要解决的问题而异。读一下blast每个数据库的定义，对于你选择数据库最有帮助。有一个基本原则是：nr数据库可以满足绝大多数的需求。少数特殊需求可以通过其他数据库完成，例如最近30天内的更新序列，搜索新基因这是必查的；题目中的chromosome数据库是只包含了全基因组或全染色体的数据。详参NCBI Blast说明。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blastcgihelp.shtml#nucleotide_databases
如何构建本地的blast数据库
假设有一序列数据（sequence.fa，多序列，fasta格式），欲自己做成Blast数据库，典型的命令如下：核酸序列：$./formatdb–i sequence.fa–p F–o T/F蛋白序列：$./formatdb–i sequence.fa–p T–o T/F执行blast:获得了单机版的Blast程序，解压开以后，如果有了相应的数据库（db），那么就可以开始执行Blast分析了。单机版的Blast程序包，把基本的blast分析，包括blastn，blastp，blastx等都整合到了blastall一个程序里面。以下是一个典型的blastn分析命令：(待分析序列seq.fa，数据库nt_db)$./blastall–p blastn–i seq.fa-d nt_db–w 7–e 10–o seq.blastn.out（该命令的意思是，对seq.fa文件中的核酸序列对nt_db数据库执行blastn搜索，窗口大小是7，e值限制是10，输出的结果保存到文件seq.blastn.out中）。 Blastall的常用参数：-p程序名应该是blastn，blastp，blastx，tblastn，tblastx中的一个-d数据库名称，默认nr-i查询序列文件，默认stdin-e E值限制，默认10-o结果输出文件，默认stdout-F过滤选项，默认T-a选择进行运算的CPU个数
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