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化合物数据库(有机化学哪些数据库比较好)

编程之家2023-10-16124次浏览

大家好,感谢邀请,今天来为大家分享一下化合物数据库的问题,以及和有机化学哪些数据库比较好的一些困惑,大家要是还不太明白的话,也没有关系,因为接下来将为大家分享,希望可以帮助到大家,解决大家的问题,下面就开始吧!

化合物数据库(有机化学哪些数据库比较好)

化合物质谱数据怎么写的

手动通过输入提问谱图中一定数目的质谱峰数据(质荷比、丰度),在数据库中进行匹配,获得与提问谱相似的谱图。

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植物代谢组|一文了解用于质谱定性的代谢物数据库

4个月前·来自专栏代谢组及多组学技术

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上期我们整体看了一下公共/自建数据库的类型,我们也能很清楚的发现,对于不同的数据库有着不同的用途,本期我们就具体来讲讲用于质谱数据匹配的数据库。(点此阅读原文)

1.NIST(National Institute of Standards and Technology):包含气质平台30万+代谢物

NIST数据库是由美国国家标准技术研究院出版,一般与GC-MS平台配套使用。对于该数据库目前没有开放使用,但是网页版本的数据库开放使用,网页版本的可以看作是NIST的标准参考数据库Standard ReferenceData中一部分与化学有关的数据库的Web版本,可通过分子式检索、化学名检索、CAS登录号检索、离子能检索、电子亲和力检索、质子亲和力检索、酸度检索、表面活化能检索、振动能检索、电子能级别检索、结构检索、分子量检索和作者检索等方法,得到气相热化学数据、浓缩相热化学数据、相变数据、反应热化学数据、气相离子能数据、离子聚合数据、气相IR色谱、质谱、UV/Vi色谱、振动及电子色谱等。

网页链接:https://webbook.nist.gov/chemistry/

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2. MassBank:包含来自气质液质不同平台不同模式共15055种物质

MassBank是一个高质量的质谱数据库,旨在公开分享从代谢物的化学标准品得到的质谱图以方便用户进行代谢物的鉴定,包含了代谢物的质谱信息以及采集情况,这些信息来自于不同的质谱仪设置,包括不同的电离技术,例如ESI、EI、 CI、APCI以及MALDI。

MassBank有三个不同的数据库:MassBank of North America(MoNa)、the European MassBank、the Japanese MSSJ MassBank,其中MoNa整合了更多来源的数据,因此相比其他两个更加受到科研工作者群体的偏好。

但是对于鉴定植物中的代谢物而言,MassBank中所包含的数据库是有限的,尤其是以质谱平台进行了限制,用于检测植物的主要是液相质谱平台,其中使用较多的是以ESI离子源为主要类型,所有包含ESI离子源这种类型的数目加起来是11592个物质。

METLIN数据库中的质谱图可以与一些不同的质谱仪产生的谱图进行很好的匹配,包括了其中包括AB公司的 Triple TOF 5600,安捷伦的 6460 Triple Quad,Thermo的 Q-Exactive和 LTQ Orbitrap Velos(使用任何一种CID或HCD碰撞形式)。该数据库的不足在于所有的数据不支持下载,必须在线查看,这也使得研究者不能使用这些二级碎片信息来开发新的检索工具或者应用工具。虽然如果实验室拥有安捷伦公司生产的质谱仪器,用户可以向生产商购买METLIN的数据库,但是购买的数据库的并不能跟网络数据库同步更新。安捷伦的METLIN个人数据库中(personalmetabolite database,PMD)中包含有9083个化合物,其中4165个为代谢物,其他的为二肽或者三肽。

美国矿物学家晶体结构数据库怎么用

AMCSD这个数据库是用来查矿物的晶体结构的。答主能提供的检索方法只有以下两种,不过应该能够满足大部分用户的需要,如果各位

如果您知道这种矿物的英文名称,可以按照下面这种查找方式直接查询:

以查询黄铁矿的晶体结构为例,登录官网美国矿物学家晶体结构数据库

我们知道黄铁矿的英文名称是Pyrite因此只需要在Mineral搜索框中输入“Pyrite”(不带双引号),然后点击search,就会自动跳转出查询结果了。

如果您不知道所查询矿物的英文名称,但是知道这种物质的化学式则可以按照这种方法查询:例如目前知道这种物质中只含有O元素和Al元素,则可以在Chemistry Search搜索框中输入

(Al,O)-

点击Search,这样所有的Al、O化合物就检索出来了。需要注意的是,括住Al、O的括号为英文状态下的括号,减号前面还有一个空格,搜索的时候不要忘记打上去。如果想了解更多化学式搜索的检索方法,可以点击Chemistry Search进行了解。

有机化学哪些数据库比较好

有机化学类数据库存储的是与有机化学领域有关的各类信息。如关于有机化合物结构和各种性质的结构和事实库I3F I LSTEIN,关于有机化学反应的数据库CASREACT, ChemlnformR},R},ACGS和CI I}.h'IREOCT,关于CRC有机化学数据手册的数据库HUL7ClC等Chemical.AI、reaxys和Scifinder是有机合成常用的数据库。reaxys有遗漏,Scifinder运行成本较高,产品价格不显示。Chemical.AI是国产的非商业性的免费查合成路线工具。离线数据库不大好吧,更新速度不能确定,信息接收速度会很慢的。数据库(Database)是按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库,它产生于距今六十多年前,随着信息技术和市场的发展,特别是二十世纪九十年代以后,数据管理不再仅仅是存储和管理数据,而转变成用户所需要的各种数据管理的方式。数据库有很多种类型,从最简单的存储有各种数据的表格到能够进行海量数据存储的大型数据库系统都在各个方面得到了广泛的应用。在信息化社会,充分有效地管理和利用各类信息资源,是进行科学研究和决策管理的前提条件。数据库技术是管理信息系统、办公自动化系统、决策支持系统等各类信息系统的核心部分,是进行科学研究和决策管理的重要技术手段。数据库(Database)是按照数据结构来组织、存储和管理数据的建立在计算机存储设备上的仓库。简单来说是本身可视为电子化的文件柜——存储电子文件的处所,用户可以对文件中的数据进行新增、截取、更新、删除等操作。在经济管理的日常工作中,常常需要把某些相关的数据放进这样的“仓库”,并根据管理的需要进行相应的处理。例如,企业或事业单位的人事部门常常要把本单位职工的基本情况(职工号、姓名、年龄、性别、籍贯、工资、简历等)存放在表中,这张表就可以看成是一个数据库。有了这个"数据仓库"我们就可以根据需要随时查询某职工的基本情况,也可以查询工资在某个范围内的职工人数等等。这些工作如果都能在计算机上自动进行,那我们的人事管理就可以达到极高的水平。此外,在财务管理、仓库管理、生产管理中也需要建立众多的这种"数据库",使其可以利用计算机实现财务、仓库、生产的自动化管理。

如何通过结构式查询该化合物信息

通常学化学的朋友,需要画些简单的分子结构图或者反应式,用chemical draw,比较的麻烦,而在常用的word、wps中来画则比较方便。首先,我们想好结构布局图,然后先编辑好需要的分子结构的字母以及分布然后选择工具栏上的"插入"选择"形状",选择需要的图形,如直线,然后在链端中间将直线放进去调整好间距即可。

一、原始文献追溯法

从化合物相关的化学文献中去寻找,最初发表这个化合物的那篇化学论文,肯定有结构式,文献查找方法主要依赖于SCIfinder。文献包括中文文献、英文和其他语言种类的文献。最直接最管用的方法。

二、软件查询法

例如chemdraw,名称转化为结构。chemdraw里面有名称和结构的转换在structure的选项里,这个主要是针对一些常见的化合物。

其他转件待补充。

三、CAS号搜索法

直接搜索,找到CAS号,然后去搜索结构,或者用个化学软件,把名称打进去

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