minimap(minecraft里的mipmap是什么意思)

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Minimap2比对随笔

Minimap2是李恒大牛在2018年开发的针对于三代测序数据进行比对的工具，minimap2的优势是速度快，而且听说比对的结果也比较不错，不知道甩samtools几条街；缺点呢，就是耗费内存。

李恒大神实在是太牛了。

minimap2的主要思想是：首先将基因组序列的minimizer存储在哈希表中(minimizer指一段序列内最小哈希值的种子)；然后对于每一条待比对序列，找到待比对序列所有的minimizer，通过哈希表找出其在基因组中的位置，并利用chaining算法寻找待比对区域；最后将非种子区域用动态规划算法进行比对，得到比对结果。minimap2方法只对最小哈希值的种子进行存储，可有效降低时间复杂度。

由于我们学校的管理员很勤奋，所有很多软件都不用我们手动安装。直接module加载即可。

看GitHub上，要自行安装的话也不麻烦。参考： https://github.com/lh3/minimap2

很简单，应该没有什么坑。

其实看了李恒的GitHub的话，基本上已经很明白了（突然感觉写这个帖子毫无意义），而且get start特别简单。

比对结果，和samtools的格式是一样的，这点没有什么好说的。我这里的主要目的是通过全长转录组，来看一下我找到的那个基因（40kb，成精了呢）是否是一个真的基因。

我的做法是在IGV上找一下那个基因，是否有ISO的read达到那么长。那么接下来就是转bam，igv导入数据就完事了。

所以本次的笔记就到这里。

minecraft里的mipmap是什么意思

Mipmap(有时候拼写成mipmap)是一种电脑图形图像技术，用于在三维图像的二维代替物中达到立体感效应。

MIP map技术与材质贴图技术结合，根据距观看者远近距离的不同，以不同的分辨率将单一的材质贴图以多重图像的形式表现出来并代表平面纹理：尺寸最大的图像放在前面显著的位置，而相对较小的图像则后退到背景区域。

每一个不同的尺寸等级定义成一个MIP map水平。MIP map技术帮助避免了不想要的锯齿边缘（称为锯齿状图形）在图像中出现，这种锯齿状图形可能是由于在不同分辨率下使用bit map图像产生的。

纹理贴图

OpenGL实现了Mipmap的功能。void glTexImage2D( GLenum target， GLint level， GLint components， GLsizei width， glsizei height， GLint border， GLenum format， GLenum type， const GLvoid* pixels)函数定义一个二维纹理映射。

参数target是常数GL_TEXTURE_2D。

参数level表示多级分辨率的纹理图像的级数，若只有一种分辨率，则level设为0。参数components是一个从1到4的整数，指出选择了R、G、B、A中的哪些分量用于调整和混合，1表示选择了R分量，2表示选择了R和A两个分量，3表示选择了R、G、B三个分量，4表示选择了R、G、B、A四个分量。

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